Alguna vez leí ya ni me acuerdo dónde:

Esto es linux, no se trata de preguntar «¿Se puede?» si no de preguntar «¿Cómo se hace?». En linux todo se puede.

Dicho y hecho; Como consultar un servidor de DNS específico sin modificar el archivo /etc/resolv.conf con dig:

dig @208.67.222.222 midominio.com

Y para nslookup:

~ $ nslookup

> server 208.67.222.222

Default server: 208.67.222.222
Address: 208.67.222.222#53

midominio.com

Util para saber como anda eso de la propagación de DNS cuando acabamos de hacer algún tipo de modificación.

208.67.222.222 es el primer DNS de OpenDNS, ambos comandos son parte del paquete bind-tools.